Некоторым генам лучше пребывать в выключенном состоянии, в то время как от других нам бы хотелось, чтобы они работали без передышки. Кроме того, метилирование далеко не всегда полностью отключает тот или иной ген. Ген может быть частично метилированным, а от степени его метилирования зависит то, насколько активным он является – чем меньше метильных маркеров, тем активнее проявляет себя ген.