В сердце системы находится продолговатый мозг, самый примитивный (он существует уже у рептилий). Это что-то вроде вместилища подземных машин, которые поддерживают жизнь: дыхание, ассимиляцию, терморегуляцию и т. д. Этот примитивный мозг является нашим центром инстинктов, который образуется еще до рождения. Его функционирование происходит по преимуществу бессознательно. Он продолжает работать во время сна и даже в состоянии комы.