Неокортекс и рептильный комплекс не могут взаимодействовать друг с другом непосредственно, а только через находящуюся между ними лимбическую систему. Повлиять логикой на свою самую «животную часть» напрямую невозможно. Согласованно действуют только две «соседние» части мозга. Скажем, рептильный мозг вместе с лимбической системой создают влюбленность и помогают нам выбрать наиболее подходящего нам партнера с точки зрения природы. А неокортекс вместе с лимбической системой подавляют инстинктивное желание сразу «дать в глаз» обидчику — в случае если мы находимся на деловых переговорах.
Неокортекс может повлиять на рептильный комплекс через лимбическую систему, то есть через эмоции. Вероятно, именно по интенсивности эмоций рептильный комплекс делает вывод о том, что ситуация становится опасной... и забирает контроль за действиями себе.