Древнейшая часть мозга — рептильный мозг — существует и у предшественников млекопитающих, рептилий, откуда и происходит его название. Эта часть мозга управляет дыханием, кровообращением, движением мускулов и мышц тела, обеспечивает координационные движения рук при ходьбе и жестикуляцию при речевом общении. Этот мозг функционирует у новорожденных, а также в случае «измененных состояний сознания» или во время комы.
В рептильном мозге собирается и/или хранится личная генная (наследственная) информация, а также постоянно принимаемая сенсорными рецепторами (глаза, нос, уши, кожа) информация об окружающем мире и изменениях в нем. Память рептильного мозга функционирует отдельно от памяти лимбической системы и неокортекса, то есть отдельно от сознания. Таким образом, именно в рептильном мозге находится наше «бессознательное».
Рептильный мозг отвечает за наше выживание и самые глубокие инстинкты: добывание пищи, поиск убежища, защиту своей территории (и защиту матерями детенышей). Когда мы чувствуем опасность, этот мозг запускает реакцию «бей или беги».