Наименьшие потери понесла православная церковь, в отношениях с которой ставка делалась не на разрушение, а на установление контроля. Этому способствовало сохранение учрежденных в 1920-х годах государственных зарплат для священников. В 1948г. на патриарший престол был возведен тесно связанный с коммунистами Юстиниан.