Основание мозга (включая ствол мозга) контролирует дыхание, сердцебиение, распорядок сна и бодрствования и другие основные телесные функции. Ствол мозга тесно связан с мозжечком, который отвечает за координацию движений. Совместно ствол мозга и мозжечок иногда называются «мозгом рептилии», поскольку они функционируют приблизительно так же, как мозг обычной игуаны