мой ответ на вопрос о применении Agile в крупном масштабе таков: просто распределите ваших разработчиков по небольшим командам, которые будут работать по Agile, а потом применяйте обычные способы управления и научно-исследовательские методы, чтобы руководить этими командами. Не нужно никаких особых правил.