Многочисленные исследования обнаружили взаимосвязь между синдромом повышенной кишечной проницаемости и синдромом раздраженного кишечника (заболеванием толстой кишки, сопровождающимся воспалением, болью, метеоризмом, диареей и запором).[12] Синдром раздраженного кишечника часто встречается у людей, находящихся в депрессии. Поэтому без особых логических усилий можно соотнести синдром повышенной кишечной проницаемости с депрессией. «Дырявый кишечник» и сопутствующие ему изменения в микробиоме стимулируют воспалительный процесс, увеличивающий поток цитокинов, что в свою очередь настраивает центральную нервную систему на депрессию. «Дырявый кишечник» может быть также связан с когнитивными нарушениями – сложностями с обучением и запоминанием материала.