Новосильцев довольно открыто выражал свое негодование по поводу того, что царь не смог должным образом признать его заслуги, резко и публично выразился против Тильзитского договора и умиротворения Россией Наполеона, а также против пристрастия министра торговли Н. П. Румянцева ко всему французскому и против оккупации Финляндии. Кроме того, Новосильцев выступил против катастрофических экономических последствий неизбежного разрыва с Великобританией из‐за присоединения России к континентальной системе. На одном общественном мероприятии Новосильцев переступил грань, и его неосторожные слова дошли до царя. Неудивительно, что они ускорили временный разрыв между Александром I и Новосильцевым. Новосильцев был снят с поста помощника министра юстиции в 1808 году, где его сменил восходящий Сперанский. Тем не менее он оставался президентом Императорской Академии наук до 1810 года.