Past Perfect часто используется в косвенной речи.
Вот предложение в прямой речи:
Tom said: ‘I’ve never been to Moscow.’ – Том сказал: «Я никогда не был в Москве».
В косвенной речи предложение будет звучать так:
Tom said (that) he had never been to Moscow. – Том сказал, что он никогда не был в Москве (в главном предложении ‘Tom said’ используется Past Simple, а Том не бывал в Москве до того, как он это сказал, поэтому в придаточном предложении употребляется Past Perfect).