Высшие должности РФ пишут с прописной буквы только в официальных документах (законах, указах, дипломатических документах): Президент Российской Федерации, Председатель Правительства РФ. В остальных случаях — со строчной! Напр.: На совещании присутствовали президент РФ, председатель Государственной думы, министры.