В основе метода лежит представление о существовании у всех людей особого психофизиологического механизма – адаптивной информационно-перерабатывающей системы. При ее активизации происходит спонтанная переработка и нейтрализация любой травмирующей информации, причем этому сопутствуют позитивные изменения в когнитивной сфере, эмоциях и поведении. Тяжелые психические травмы и стрессы могут блокировать деятельность системы. В этих случаях воспоминания о травме и связанные с ними представления, аффективные, соматовегетативные и поведенческие реакции не получают своего адаптивного разрешения, продолжая храниться в центральной нервной системе в изолированном состоянии. Негативная информация как бы «замораживается» и длительное время сохраняется в своем первоначальном, непереработанном виде за счет изоляции нейронных сетей мозга, обеспечивающих доступ к этим воспоминаниям, от других ассоциативных сетей памяти. При этом не происходит нового научения, так как соответствующая психотерапевтическая информация не связывается с изолированной информацией о травмирующем событии (Шапиро, 1998). В результате негативные эмоции, образы, ощущения и представления из прошлого клиента проникают в его настоящее, вызывая сильный душевный и физический дискомфорт. Предполагается, что движения глаз или другие стимулы, используемые при ДПДГ, запускают процессы, которые активизируют ускоренную переработку травматического опыта по аналогии с той, что в норме происходит на стадии сна с быстрыми движениями глазных яблок (БДГ-сна). Ряд исследователей считает, что фаза БДГ-сна является тем периодом, когда бессознательный материал, в том числе связанный со стрессами, всплывает для адаптивной переработки (Winson, 1993). Повторные ночные кошмары с пробуждениями, характерные для больных, страдающих ПТСР, прерывают и искажают БДГ-сон, а вызывающий сильное беспокойство дисфункциональный материал остается непереработанным.