Игумен Вениамин умер 10 сентября 1897 г. и был похоронен на православном патриаршем кладбище на горе Сион. Отпевание в русском Троицком соборе возглавил Патриарх Иерусалимский Дамиан. Вениаминовское подворье после кончины своего основателя было перерегистрировано в 1898 г. на имя Председателя Палестинского Общества вел. кн. Сергия Александровича. Бессменной его смотрительницей на протяжении всего периода до 1914 г. была назначенная Вениамином Ксения Александровна Хомутова.