Физиогномику иногда путают с френологией — другим учением, в задачи которого тоже входила расшифровка внутреннего через внешнее, а именно свойств характера на основе формы черепа. Френологические и физиогномические гипотезы очень похожи и с современных позиций одинаково неверны.