В самом начале царствования Анны Иоанновны карьера Макарова круто оборвалась. Жизнь его настраивалась на иной, трагический лад: бывший кабинет-секретарь и бывший президент Камер-коллегии оказался не у дел. Имя Макарова было предано забвению. О его существовании можно узнать лишь из документов, вышедших из недр следственных комиссий и Тайной канцелярии. С 1731 года до смерти в 1740 году Алексей Васильевич находился под следствием, причем следствия накатывались одно на другое, подобно волнам, обрушивая на его голову непрерывные испытания. Они тянулись на протяжении томительно долгого десятилетия.
Во времена Анны Иоанновны Макарову надо было либо менять многое из того, что он впитал в себя за годы более чем двадцатилетнего общения с Петром, и в частности представления о ценности людей, о долге, об отношении к иноземцам; либо лицемерить и угодничать людям, не пользовавшимся его расположением в предшествующее время; либо, наконец, не утрачивая собственного достоинства, вести себя в меру возможности независимо от немецкой камарильи, окружавшей трон.