На следующий день после объявления о суде над царевичем, то есть 14 июня 1718 года, его взяли под стражу и заключили в Петропавловскую крепость. Отныне он был низведен до положения обычного колодника. Если в предшествующий период следствия в Москве и Петербурге Алексей жил на свободе и сам излагал ответы на поставленные вопросы, то теперь его стали подвергать пыткам.