Японцы пытались ассимилировать коренное население айнов, запрещая им надевать серьги и делать татуировки и заставляя вместо этого носить японскую одежду и прически. Также айнов заставляли брать себе японские имена, говорить по-японски и молиться в синтоистских святилищах. Государство старалось искоренить их образ жизни, основанный на охоте и собирательстве, обучая айнов земледелию и выделяя небольшие участки земли, однако японские переселенцы зачастую обманом выгоняли айнов из их владений. Многие в результате оказались в рыболовецких артелях или в городских трущобах. К концу периода Мэйдзи Хоккайдо оказался без сомнения японским. В 1908 году айны составляли всего 1,25% населения острова из полутора миллионов человек.