Второй изначальной школой дзэн была Сото, привезенная из Китая монахом Догэном (1200–1253). Согласно ее учению, ядром практик дзэн была медитация дзадзэн, называемая «просто сидением». Догэн отринул официальное покровительство, которое привязывало Риндзай к правящим элитам, и основал свой храм Эйхэйдзи в сельской префектуре Фукуи, вдали от соблазнов Камакуры и Киото.