Третий и последний сёгунат официально закончился. Тем не менее еще более года императорские войска, возглавляемые Сацума — Тёсю, сражались с приверженцами Токугава в Эдо и в провинциях на Северном Хонсю и Хоккайдо, куда стекались остатки сил, верных сёгунату. Эти конфликты известны под названием война Босин (1868–1869). Общее число погибших, составляющее около 3500 человек, сравнительно невелико относительно масштабных гражданских войн в других странах. Из-за этого ранние истории Японии восхваляли реставрацию Мэйдзи как «бескровную революцию», или «революцию сверху». После того как Эдо захватили императорские войска, он был переименован в Токио, что значит «восточная столица», а юный император переехал из Киото в бывший дворец сёгуна.