Отряды ниндзя существовали уже во времена Сэнгоку; они скрытно проникали на вражескую территорию, чтобы наблюдать за перемещениями обитателей, собирать тайные сведения или участвовать в заказных убийствах. Однако в период Токугава их боевые приемы стандартизировались в официальные боевые искусства, а шпионаж стал систематизированным и оброс бюрократией. Подспудной темой эпохи стала рутинизация боевых искусств, «укрощение самураев». Навыки ведения войны — прерогатива сословия воинов — стали бесполезными в обществе, запретившем насилие, а должность зависела от наследуемого ранга, поэтому самураи массово превратились в государственных служащих. Их военные навыки — собственно причина привилегированности их сословия — со временем все более теряли смысл.