В 1630-х годах Иэмицу запретил японским кораблям покидать острова иначе как по особому разрешению главы правительства сёгуната; японцы могли выезжать за границу только на судах, имевших такие разрешения. Восстание Симабара (1637–1638 гг.) привело сёгунат к окончательному решению уничтожить католическое христианство в Японии. Полуостров Симабара (о. Кюсю), а также соседний остров Амакуса близ Нагасаки были оплотами христианства. Когда новый даймё, назначенный Токугавой, обложил население непосильными налогами, крестьяне Симабары и Амакусы вместе с самураями, лишившимися хозяев (ронинами), подняли восстание. Бунт имел христианскую окраску: восставшие обращались к Иисусу и Марии. Около 40 000 восставших собрались в замке Хара и выдержали трехмесячную осаду 100-тысячной армии объединенных сил сёгуната Токугава и близлежащих земель. Разбить мятежников помогли пушки, полученные от голландцев. Подавив восстание, Иэмицу строго-настрого запретил всю международную торговлю, кроме отношений с Кореей, Китаем и Голландией. Но даже при этом европейским купцам разрешалось жить только на крошечном рукотворном острове Дэдзима в заливе Нагасаки. Будучи единственными неазиатами в Японии, в последующие два столетия голландцы оказались для японцев основным источником информации о европейской цивилизации.