Самым насущным вопросом лидеров было создание централизованной политической структуры, которая позволила бы им управлять всей страной. В качестве основного политического органа была учреждена Палата большого Государственного совета, в которую вошли предводители Сацумы и Тёсю и их союзники. Окубо Тосимити (1830–1878) и Сайго Такамори (1828–1877) из Сацумы, Ито Хиробуми (1841–1909) и Ямагата Аритомо (1838–1922) из Тёсю, а также принц Ивакура Томоми (1825–1883) на десятки лет монополизировали контроль над государственной политикой. Хотя новое государство на словах вернуло власть императору, на самом деле страной управляли именно эти люди, тогда как юный император был лишь символической фигурой.