Некоторые аспекты конфуцианства подходили Японии значительно хуже, чем Китаю. Например, как упомянуто в главе 2, конфуцианская доктрина «небесного мандата» утверждает, что если правитель слаб или несправедлив, то его можно свергнуть, а мандат перейдет к тому, кто сможет править лучше. Однако Императорский дом Японии заявил, что получил этот мандат по прямой линии от богини Солнца Аматэрасу, отчего тот и не может быть передан никакой другой династии. Должность сёгуна также была доступна только членам клана Токугава. Многие известные японские мыслители чжусианского направления, например Ямадзаки Ансай (1619–1682), в своих работах часто обращались к синтоистским концепциям, чтобы адаптировать конфуцианство к ситуации в императорской Японии. Еще одним важным различием между двумя странами является природа правящего класса. В Китае управляла образованная элита, занимавшая должности согласно собственным заслугам, тогда как в Японии правящим классом были самураи, наследовавшие свой социальный статус. Тем не менее конфуцианская идея иерархических отношений с жестким разграничением правителя и подданного, отца и сына, мужчины и женщины вполне удовлетворяла запрос сёгуната Токугава. Если в Китае основной упор делался на почитание родителей и детско-родительские отношения, то в Японии подчеркивали связь между сюзеренами и вассалами, которая понималась как абсолютная преданность своему господину.