Контроль над приблизительно 250 даймё, независимо управлявшими примерно 80% страны, был важнейшей задачей. С восшествием на трон нового сёгуна каждый даймё должен был присягнуть ему на верность; взамен он получал свидетельство о правах на доходы в своем княжестве. Недостойное поведение наказывалось лишением владений или ограничением их территории либо переводом даймё в новые владения.