Пржевальский принадлежал к старинному польскому шляхетскому роду. Его дальним предком был воин Великого княжества Литовского Карнила Перевальский, отличившийся в Ливонской войне. Родовой герб, изображающий серебряный лук со стрелой на красном поле, был дарован предку Пржевальского за воинские подвиги в сражении с русскими войсками при взятии Полоцка армией Стефана Батория. Это, впрочем, не помешало самому Николаю Михайловичу по окончании Академии отправиться добровольцем в Польшу для участия в подавлении Польского восстания. После усмирения поляков он был произведен в поручики и занял должность преподавателя истории и географии в Варшавском юнкерском училище.