Ранние этапы клеточной эволюции связаны с распространением в разных средах обитания небольших клеток размером 1–2 мкм с простой внутренней организацией. Это клетки прокариот, к ним относятся бактерии, сине-зеленые водоросли, иначе их называют цианобактериями, и микоплазмы. Форма клеток может быть сферической, удлиненной или более сложной (извилистой). Они имеют плазматическую мембрану, которая служит барьером для транспорта молекул между внутренней средой клетки и ее окружением. В клетке имеется цитоплазма, в центральной части клетки находится одна двуспиральная молекула ДНК, обычно замкнутая в кольцо.