Важнейшие промысловые животные Эстонии – кольчатая нерпа, которая обитает вблизи островов Западно-Эстонского архипелага и Рижского залива и длинномордый тюлень в Финском заливе. В теплое время года в морских водах встречается морская свинья.
В море вокруг островов Эстонии 70 видов рыб: камбала, судак, морской сиг, угрь, салака, килька, треска, лосось и др.