Роль Торквемады в укреплении испанского абсолютизма, того мрачного, жесткого абсолютизма, который при Филиппе II сделается вообще величайшим анахронизмом в западноевропейском регионе, была огромна. И, как пишут некоторые испанские историки, деятельность Торквемады, направленная на истребление как можно большего числа мыслящих людей, людей интеллектуально развитых, независимых, внутренне свободных и даже просто активных, деятельных – уничтожение целого пласта таких людей катастрофически повлияло на генофонд нации. Отсталость Испании, ставшая очевидным фактом в XVI веке, о чем с такой болью и так гениально писал Сервантес, начиналась с Торквемады. Специалистам заметны следы этого отставания и по сей день.