Религиозные распри между различными протестантскими исповеданиями были для него, стремившегося к сближению протестантизма с католичеством, вопиющей несообразностью. Даже к крайним протестантским сектам он относился с сочувствием, даже наиболее чуждые его натуре мистические проявления никогда не вызывали в нем чувства вражды или презрения. Превосходным образчиком этой почти безграничной терпимости Лейбница было его отношение к так называемым «хилиастам», проповедовавшим «тысячелетнее царствование» и пришествие Мессии.