Название рассказа отсылает читателя к библейской книге Исхода, в которой описываются так называемые "Казни египетские". Казней этих было десять штук, и каждая была круче предыдущей, так вот, густая и плотная темнота, окутавшая Египет, была девятой в этом ряду,
В рассказе "тьма египетская" присутствует как бы в двух измерениях: в том же физическом, что и в Библии - в деревенской больнице, в которой служит автор, снова нет электричества, и в переносном - неграмотность и непросвещенность крестьян, которая повергает молодого доктора в ступор.
Перед читателями проходит целая череда диких случаев, когда одновременно принимается смертельно опасная доза белладонны, или когда горчичник, назначенный от простуды, накладывается на тулуп. Но эти случаи рассказывает доктору фельдшер, однако не проходит много времени, и у него появляется свой собственный пациент, символизирующий "тьму египетскую". Причем, это оказывается человек - деревенский мельник, который показался доктору счастливым интеллигентным исключением.
Однако же, велико было его разочарование, когда и этот деревенский "антилигент" принял 10 прописанных ему порошков хинина зараз, "чтобы не валандаться". Кстати, именно мельник произносит ту самую фразу, положенную в название - "тьма египетская", правда, речь шла о темноте в глазах после того, как доктор его откачал.
И тогда доктор воспринимает свою миссию как рыцарское служение по искоренению лютого невежества, царящего в народе - ему снится сон, что он и его медсёстры и фельдшеры - все в белых халатах, вооруженные разными медицинскими приборами вместо мечей - выходят на решающее сражение с гнетущей тьмой.
Символично, что этот сон снится доктору в 1917 году - время ликвидации безграмотности и реального просвещения народа уже стучалось в двери - тьма египетская должна была смениться лучезарным светом. На самом деле света окажется не так уж и много, а темнота кое-где по углам всё-равно сохранится, так что всё будут решать светлые и темные тени, в каждом случае по разному...