После смерти Николая и восшествия на престол Александра II Бакунин уже (судя по всему, отчасти) искренно просил нового царя простить его, уверяя в полнейшем раскаянии. Наконец в марте 1857 года его отправили в Томск – тюремное заключение (до 1854 года в Петропавловской крепости, после – в Шлиссельбурге) было заменено ссылкой в Сибирь на поселение.