О чистоте и гигиене в больницах тоже никому не было известно вплоть до первой половины XIX века. Медицинские инструменты не дезинфицировались перед использованием. Зачастую раны больных промывали, используя одну и ту же губку, никто никогда не носил защитных перчаток. Пациенты часто умирали не от своей болезни, а от инфекций, которыми заразились от врачей в больнице.
Рожать в больницах было особенно опасным. Матери часто умирали от родильной горячки. Игнацу Земмельвейсу, молодому ассистирующему врачу в роддоме Вены, никак не давала покоя мысль о роженицах, умирающих в страшных муках. Он пытался понять, почему молодые матери, которые наблюдались у студентов-медиков, умирали чаще, чем молодые матери, которые рожали у акушерок. Разгадка была найдена: студенты-медики, в отличие от акушерок, не только учились родовспоможению, но и практиковались в секционном зале на вскрытии трупов. Они не мыли руки после окончания работ в секционном зале.