Чрезмерное потребление ФОДМАПов вызывает дисбаланс в микробиоте в пользу патогенных бактерий и дрожжей. Синдром раздраженного кишечника часто сопровождается проницаемостью кишечника, в результате чего сквозь стенки кишечника проникают фрагменты бактерий и молекул недостаточно переваренной пищи, что вызывает постоянное воспаление, иммунодепрессию и зачастую непереносимость многих продуктов питания. Многочисленные исследования доказали необходимость отказа от ФОДМАПов для облегчения этих симптомов, и такая диета является в настоящее время общепринятой для людей, страдающих колопатией. Она сводится к исключению соответствующих продуктов на определенный период времени, позволяющий кишечнику полностью восстановиться.