Но если доминиканцы стали жестокими преследователями еретиков, то францисканцы через век после смерти своего основателя сами стали объектами преследований. В то время как большинство францисканцев поддались искушению, против которого их предостерегал святой Франциск, а именно обогащению, небольшая часть ордена осталась верна его заветам. И скоро они стали предметом насмешек. В 1266 году святой Бонавентура сокрушался: «Святой Франциск взывает к нам с призывом измениться. Те братья, кто остался верным своим клятвам, более не являются предметом подражания. Наоборот – над ними смеются».
К XIV веку их преследовали как еретиков и подвергали страшным мучениям. Наконец в 1317 году папа Иоанн XXII объявил, что те странствующие монахи, которые ослушаются указов своего непосредственного начальника, еретики. В 1318 году в Марселе были сожжены четверо «святых» отцов – доминиканцев за то, что они объявили закон святого Франциска идентичным Заветам Христа. Эти монахи просили разрешения основать собственную конгрегацию. Разрешения им не было дано.