Своё название «манъёгана» эта система письма получила позднее, начиная с эпохи Эдо. Это название восходит к сборнику стихов «Манъёсю» (Собрание мириад листьев), написанному по принципу сякудзи. Ещё одной попыткой выражения звуков японского языка, используя принцип сякудзи вперемешку со смысловым чтением иероглифа, явился сборник мифов «Кодзики».
В дальнейшем Манъёгана будет упрощаться и дальше, пока не сформируется современная хирагана.