Если в ветке появляются вопросы не по теме, ответы на эти вопросы нужно давать в новых ветках. Прямо не полениться, создать новое письмо, заново сформулировать тему, добавить нужных людей и только потом отвечать адресату.
В исходной ветке стоит ответить только на те вопросы, которые касаются темы этой ветки.
Если адресат продолжает отвечать невпопад в разных ветках, можно вежливо его скорректировать: «Иван, я боюсь запутаться в наших переписках. Давайте обсудим этот вопрос в переписке с темой такой-то».
Часто люди видят ваше имя в переписке и вспоминают, что у них к вам есть еще одно дело. Они не раздумывая нажимают «Ответить» и пишут всё, что у них на уме, не обращая внимания на тему. Пусть это вас не расстраивает: это не потому, что люди намеренно хотят разрушить вашу систему деловой переписки. Просто вы им нужны и они в этот момент не думают о теме.