в случае с «Альфой» нужно было зарегистрировать два разных знака «АЛЬФА» и «ALFA». А если компании нужно сэкономить и нет желания регистрировать два знака, то нужно было выбрать тот, который компания использует как основной, и зарегистрировать именно его. Транслитерацию можно защищать от нарушителей, опираясь на фонетическое сходство. Оба варианта имеют смысл, а выбор между ними зависит от задач и возможностей конкретной компании.