ГИ имеет свои недостатки. Для того чтобы определить ГИ конкретного продукта, необходимо, чтобы 10–20 добровольцев съели его, а врачи измерили уровень сахара. На основе полученных данных затем вычисляется и публикуется ГИ продукта. Проблема заключается в том, что люди по-разному реагируют на одну и ту же пищу из-за разного состава бактерий в кишечнике.