Другой причиной скудности и простоты микро-биома является повсеместное применение антибиотиков не только в медицинских целях, но и в животноводстве. Рутинное использование антибиотиков для ускорения роста животных запрещено в Европе, но до сих практикуется во многих странах, включая США.