Самойлович гетманствовал довольно долго, до полного окончания русско-польской войны, когда наконец был подписан «Трактат о вечном мире» между Россией и Польшей (1686). Причиной крушения Самойловича в 1687 г. стали интриги Мазепы. Мазепа, вошедший в доверие к всесильному фавориту царевны Софьи – князю Голицыну, обвинил гетмана в измене. Несчастный Самойлович был арестован и сослан, но Голицын дорого заплатил за потворство предательству. Избранный гетманом Мазепа точно так же предал Голицына, а после – и Петра, избрав сторону Карла XII и решив, что при поддержке шведов он сможет стать самостоятельным государем. Однако и в устах Мазепы призыв к созданию самостоятельной Украины не получил народной поддержки. За Мазепой пошли только его сердюки (охрана) и запорожцы, которые в это время уже были настроены против союза с Россией.