состоит из двух отделений: в первом систерна, а в нише с правой (восточной) стороны каменный престол; верхняя доска цельная; напротив окно; при расчистке этой части нашли два черепа, которые лежали тут же на престоле; в другом отделении такая же ниша, но без престола и в конце видно продолжение подземного хода на север по направлению к храму Святого Гроба, оставленное без исследования, как выходящее из пределов монастырских. Из соседних садов также открыты подземные ходы, которые, как надобно полагать, имели связь с этим и с теми таинственными ходами, о которых носятся темные, но не лишенные основания слухи, что они идут под весь храм Святого Гроба и известны лишь одним возобновителям храма после пожара 1808 года – грекам. Эту подземную церковь греки почитают «темницею святого Петра», а положение ее близ «железных врат» как нельзя более подтверждает это предположение. Западные писатели, напротив, говорят, что церковь эта построена на месте дома святого евангелиста Иоанна и Заведея отца его, но мы увидим далее, что дом святого евангелиста Иоанна Богослова православное предание правильнее указывает на Сионе.
По сторонам церкви кельи в два яруса с галереями; двор большой. Здесь, так же как в Дмитриевском и Харлампиевом монастырях, помещаются преимущественно поклонники из болгар. Церковь обширная, иконостас нового письма; в ней главная святыня – часть лобной кости святого Иоанна Предтечи Господня, вделанная в круглую золотую оправу. Она была подарена восточным императором грузинским царям, откуда перешла в Валахию; а Патриарх Досифей добыл часть этой святыни для своего патриаршего монастыря, о чем значится в его истории.