Другой причиной экссудативного среднего отита может служить обратный заброс в ухо содержимого носоглотки. Проведено немало научных исследований содержимого среднего уха, которые обнаружили в нем пепсин – вещество, образующееся в желудке. Это говорит о важной роли гастроэзофагеального рефлюкса при экссудативном среднем отите, то есть забросе желудочного сока вверх через пищевод в носоглотку. Это является причиной частых экссудативных отитов у детей. При экссудативном среднем отите могут нарушаться все функции слуховой трубы – выведение из уха отделяемого, которое постоянно образуется слизистой оболочкой, а также защита уха от попадания в него чужеродных веществ из носоглотки.