Практика КТ требует от психотерапевта знаний о феноменологии когнитивных процессов при различных психических расстройствах. К наиболее разработанным следует отнести когнитивные модели депрессий и тревожных расстройств (фобий, панических расстройств и генерализированной тревоги).