Основой каждой судебной экономической экспертизы является выбор экспертом методики исследования, необходимой для изучения данных в конкретном случае. При этом в судебно-экспертных различных учреждениях отсутствует единый методический подходи утверждённые экспертные методики с учётом особенностей назначения экспертизы, например, при расследовании дел о преднамеренном и фиктивном банкротстве, судебно-экспертного исследования рыночной стоимости акций и бизнеса и других.