Вирус может проникать в слизистые оболочки трахеи, подвздошной кишки, мочевого пузыря, в клетки сердца, почек, стенки любых кровеносных сосудов.
Также ученые выяснили, что вирус использует человеческую протеазу TMPRSS2 чтобы проникнуть внутрь клетки, но при этом заодно мешает работать человеческому белку, который тоже зависит от этой протеазы. Получается двойной удар: облегчается проникновение вируса в клетку и нарушается водно-солевой обмен в местах инфекции, что приводит к возникновению отеков.
Коронавирус может проникать и разрушать эпителиальные клетки легких в альвеолах. SARS-CoV-2 очень быстро распространяется и перемещается вниз по дыхательным путям. Он преимущественно инфицирует пневмоциты II типа, размножается в них и приводит гибели клеток, в итоге развивается фиброз легочной ткани.
Нарушение функции внутренних оболочек сосудов (эндотелия) приводит к массивному тромбообразованию и закупорке мелких сосудов легких, почек, сердца, печени и других органов микротромбами, что вызывает нарушение кровообращения и функционирования этих органов.