Первоначальное вынять (ср. отнять, занять) было переразложено, и в безударной позиции ня было понято как суффикс и заменено на ну, по аналогии со словами типа кинуть, дернуть. Так в русском языке возникло слово, в котором как бы нет корня: после приставки вы- сразу идет суффикс – ну-.