Его жена, Екатерина Петровна Лыжина, осталась с детьми после событий октября 1917 г. в России и умерла в крайней нищете. Любимый сын Генриха Шлимана – Сергей Генрихович Шлиман, блестяще закончивший юридический факультет Петербургского университета, – также умер в глубокой бедности в советском Ленинграде.