До основания Санкт-Петербурга река носила ижорское название Муя («грязная»), в 1719–1797 годах водоем уже официально именовали Мьей. Современное название Мойка, вытеснившее прежнее, появилось несколько позже как переосмысленный вариант труднопроизносимого «Мья».