Сам Никон, которого царь Алексей Михайлович некогда называл своим «собинным другом», стремился поставить свою духовную власть выше царской. Патриарх принял титул великого государя. Власть патриарха он сравнивал с Солнцем, а власть царя – с Луной, лишь отражающей солнечный свет. Все это неизбежно вело к конфликту с царем. Алексей Михайлович демонстративно перестал посещать совершаемые Никоном службы и стал избегать встречи с ним. В 1658 г. Никон объявил, что оставляет патриаршество и покидает Москву. Честолюбивый патриарх надеялся, что царь пойдет с ним на диалог и предложит продолжить служение. Никон просчитался. В 1666–1667 гг. был собран церковный собор, в работе которого приняли участие представители греческих православных церквей. Собор осудил Никона и лишил его сана. Опальный церковный деятель был сослан в Ферапонтов монастырь под Вологду. Однако его реформы были сохранены.