Война закончилась сама по себе, естественным путем, в результате того, что ее стало невозможно продолжать. 25 мая 1993 года Россия и Таджикистан заключили договор о сотрудничестве, а российские пограничники получили официальный статус. Размах боевых действий резко упал. На поле боя еще оставалось до 20 тысяч таджикских солдат и до 17 тысяч бойцов исламской оппозиции, но за спиной таджиков маячила российская армия, так что одолеть правительство исламисты не могли. Но и Душанбе не имел возможности окончательно задавить неприятеля. Боевые действия то прекращались, то возобновлялись, а переговоры не удавалось даже начать: первый официальный представитель правительства был попросту расстрелян еще до начала диалога.
В ноябре 1993 года состоялись президентские выборы. Их выиграл Эмомали Рахмонов, фактически устранивший или распугавший всех серьезных конкурентов.
Официальное мирное соглашение было подписано только 27 июня 1997 года. К этому моменту война окончательно выродилась в вялые перестрелки банд на постапокалиптической пустоши.